去年4月份，国资委批准华润集团作为战略投资者重组三九集团。而在4月底，三九医药曾公布大股东清欠方案：以现金偿还约23亿元,以资抵债约11亿元,债务重组约3-4亿元。但由于清欠与大股东资产债务重组相关联,且清欠协议的部分条款需与债务重组协议的有关约定一致，三九集团债务重组协议无法签订之前，清欠方案一直无法实施。

　　2007年9月，S三九发布的公告显示，三九集团债务重组协议主要内容是：由华润集团、新三九控股有限公司、三九集团及其下属企业在自债务重组协议生效日起1个月内向债权人一次性全额支付人民币4,457,002,080元，用以清偿全部集团层面和三九医药层面重组债务本金、三九医药层面欠息以及诉讼费。据了解，签署债务重组协议的债权人是与三九集团及其下属企业发生直接债务及或有债务关系的债权人委员会成员单位，共有20家金融债权人，签署债务重组协议的债务人为三九集团及其下属企业（含S三九及其下属企业）。

　　重组债务包括三个部分，分别为三九集团层面重组债务、S三九层面重组债务以及三九生化（000403）、深圳市三九医药连锁股份有限公司及其控股的各级子公司重组债务。而S三九层面重组债务（截至债权债务核实日2007年6月20日）本金共计人民币3,594,217,187元；其中，S三九因对三九药业部分债务及三九生化部分债务提供担保而需要承担连带还款责任的债务本金共计513,748,415元。同时，三九集团作为大股东，也占用了S三九37.4亿元的非经营性资金。

　　公告同时显示，债务重组完成后，债权人同意豁免所有S三九层面重组债务相关的罚息及复利；解除S三九对相关重组债务的担保责任；解除所有与S三九层面重组债务相关的抵押、质押及查封、冻结，并对其提起的所有与重组债务相关的诉讼案件、仲裁案件及执行案件予以撤诉或撤销执行申请。

　　业内人士指出，《三九集团债务重组协议》的生效和实施，有助于解决对三九医药的资金占用问题；同时基本解决了以前年度形成的对外担保，降低了或有风险。